當年索額圖奉命率領(lǐng)邊界談判代表團赴俄談判，剛出長城不久，因道路受阻，不得不中途折回，其原因就是喀爾喀蒙古和厄魯特蒙古兩部開戰(zhàn)。
那時蒙古分作三大部：長城以北，大漠以南的稱漠南蒙古，也叫內(nèi)蒙古，共有二十四個小部落，歸附清朝后劃為四十九旗；大漠以北的土謝圖、扎薩克圖、車臣是外蒙古，也叫喀爾喀蒙古；天山以北阿爾泰山以西稱為厄魯特蒙古，有準噶爾、和碩特、土爾扈特、杜爾伯特四個部落。如今打仗的就是喀爾喀和厄魯特。他們同清朝本來一直保持著臣屬關(guān)系。
厄魯特蒙古的四個部落中，以游牧于新疆伊犁一帶的準噶爾部最強盛，首領(lǐng)叫噶爾丹，康熙十年(1671)自立為汗，對鄰近部族攻伐兼并，控制了青海和西藏，征服了天山南路的維吾爾族和巴爾喀什湖以西的哈薩克族，如今又想一統(tǒng)蒙古高原。
嚴歷警告噶爾丹
康熙帝知道噶爾丹的野心，只是當時用兵的地方多，騰不出手來，加之這家伙表面上裝得相當恭順，納貢稱臣，一再表白與清廷“一道同軌，不敢妄行”，一時抓不住把柄收拾他。如今他里通外國搞分裂的行徑越來越明顯，甚至配合羅剎國擾亂我喀爾喀蒙古各部的抗俄斗爭，康熙帝這才覺得不能掉以輕心了。
不久，康熙帝又接到喀爾喀蒙古三部數(shù)十萬眾被噶爾丹打敗，逃到內(nèi)蒙古請求保護的報告，他一面派理藩院尚書阿爾尼帶著人前去慰問，開倉賑濟，妥善安置；一面派使者諭令噶爾丹，不得無故興兵，從速退回自己地域。
此時的噶爾丹已十分囂張，哪里還肯俯首聽命？他已計劃打著追喀爾喀人的旗號，揮戈南下向清朝進攻了。
史無前例的駱駝城
阿爾尼見軍情緊急，立即組織喀爾喀蒙古兵馬抵抗。不料中了噶爾丹的圈套，損兵折將?？滴醯垡姲柲岜鴶。銢Q定親征。康熙二十九年(1690)夏，他命裕親王福全為撫遠大將軍，率兵為左翼，出長城古北口；恭親王常寧為安北大將軍，率兵為右翼，出長城喜峰口先行，向噶爾丹殺去。自己也出北京巡幸邊塞，不料到博洛和屯(河北隆化)因患重感冒，只得暫且回鑾。
兵出長城，恭親王在烏朱穆秦出師不利，初戰(zhàn)失敗，噶爾丹競乘勝越過西剌木倫河，搶占了烏蘭布通峰。烏蘭布通峰距離北京僅七百里，鐵騎數(shù)日便到，形勢頓時緊張?？滴醯垴R上改命康親王杰書為安北大將軍，屯兵歸化，堵住噶爾丹退路，下令裕親王急進攔截，自己帶著大軍日夜兼程，趕去圍剿。兩軍對陣，噶爾丹將一萬頭駱駝縛住腳，駝背上疊加箱垛，蓋著濕氈，環(huán)列如柵，稱為駝城，以此抵御清軍進攻。清軍隔河列陣，設(shè)鹿角槍炮，由南向北徐徐椎講。
攻擊開始了。清軍的鳥銃、火炮一頓猛射，子母彈、鐵心彈呼嘯著飛向駝城，雷鳴般炸裂開來。駱駝怎經(jīng)得起這等轟擊?頓時血肉橫飛，尸骸狼藉。駝城垮了，清兵乘勢沖殺過去，準噶爾軍拼命抵抗，終究敵不過清軍的大規(guī)模進攻。
兩天后，清軍將噶爾丹追趕到沼澤后面的山上包圍起來。噶爾丹使出緩兵之計，派人至清營求和。清軍統(tǒng)帥部竟然相信了他的鬼話，令各路兵馬暫勿進擊，以待后命。這樣一來，一鼓作氣的清軍士氣松弛下來。噶爾丹利用一個漆黑的夜晚，悄悄渡過薩里克河，穿過大磧山，溜走了。
兩次統(tǒng)兵親征
噶爾丹逃到漠北，只剩下了幾千人馬。他不甘心就此失敗，決定重整旗鼓，卷土重來；一面又派人去羅剎國向沙皇乞求援助。
康熙帝知道噶爾丹野心不死。又于三十五年(1696)、三十六年兩次統(tǒng)兵親征，打得噶爾丹走投無路。手下只有五六百人馬，糧草全無，日日靠殺戰(zhàn)馬充饑。這一年的三月，噶爾丹病死，余部投降。喀爾喀蒙古三部的幾十萬人馬又重回到他們的漠北故鄉(xiāng)，中國北部和西北部這才恢復了安寧。
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