至元三十一年（1294）忽必烈駕崩。[20]由于太子真金早死，帝位由各方爭奪。最后，群臣在真金的長子晉王甘麻剌及三子鐵穆爾之間選擇，由于鐵穆爾受元世祖下賜皇太子寶及鎮(zhèn)守和林。故晉王甘麻剌退讓，鐵穆爾即位（即元成宗，蒙語稱完澤篤皇帝，1294-1307年在位）。停止對(duì)外戰(zhàn)爭，專力整頓國內(nèi)軍政。采取限制諸王勢(shì)力、減免部分賦稅、新編律令等措施，使社會(huì)矛盾暫時(shí)有所緩和。
同時(shí)，發(fā)兵擊敗西北海都、篤哇等，都哇、察八兒歸附，使西北長期動(dòng)亂局面有所改觀。在位期間基本維持守成局面，但濫增賞賜，入不敷出，國庫資財(cái)匱乏，鈔幣貶值。曾發(fā)兵征討八百媳婦(在今泰國北部)，引起云、貴地區(qū)動(dòng)亂。晚年患病，委任皇后卜魯罕和色目大臣，朝政日漸衰敗。他執(zhí)政末年還成功與長期敵對(duì)的窩闊臺(tái)汗國和察合臺(tái)汗國講和，結(jié)束了西北的動(dòng)亂局面。
大德十一年（1307），鐵穆爾死，前太子真金之孫海山即位于元上都，是為元武宗。并立其弟愛育黎拔力八達(dá)為皇太子，約定兄終弟及，同時(shí)又約定愛育黎拔力八達(dá)死后，帝位復(fù)歸武宗之子和世剌[22]。他為了擺脫財(cái)政危機(jī)，下令重新設(shè)立尚書省，并印發(fā)至大銀鈔，結(jié)果導(dǎo)致至元鈔大為貶值。至大二年（1309），他與察合臺(tái)汗國瓜分了窩闊臺(tái)汗國，窩闊臺(tái)汗國從此滅亡。
至大四年（1311），元仁宗即位，[23]元仁宗即位后，生母興圣皇太后的重臣鐵木迭兒為右丞相仁。元宗取消了元武宗的經(jīng)濟(jì)措施，并違背前約，立自己的兒子碩德八剌為皇太子，破壞了與元武宗相約先立和世琜繼位，再傳位碩德八剌等之約。封元武宗長子和世剌為周王，將周王和世琜徙居云南，但和世琜在途中起兵前往西北游牧。元仁宗把和世琜之弟圖帖睦爾放逐至南方。
漢化與政變
延祐七年（1320），元仁宗死，碩德八剌即位，是為元英宗。元英宗繼承了其父元仁宗的以儒治國政策，加強(qiáng)中央集權(quán)和官僚體制，并于至治三年（1323）下令編成并頒布元帝國正式法典——《大元通制》，共2539條。他還下令清除朝廷中鐵木迭兒的勢(shì)力，但隨著清理的擴(kuò)大，再加上朝廷中的蒙古保守勢(shì)力對(duì)元英宗以儒治國的施政不滿，導(dǎo)致鐵木迭兒的義子鐵失在至治三年（1323）夏天趁格堅(jiān)汗去上都避暑之機(jī)，在上都以南15公里一個(gè)名叫南坡的地方，刺殺了元英宗及宰相拜住等人，史稱南坡之變。
元英宗被行刺后，鎮(zhèn)守和林的晉王甘麻剌的長子，真金的長孫，也孫鐵木兒率兵南下，殺掉行刺元英宗的叛臣后即位，是為元泰定帝。元泰定帝即位后，封被元英宗放逐到海南島的圖帖睦爾為懷王，鎮(zhèn)守建康。
泰定五年（1328），元泰定帝死。丞相倒剌沙在上都奉泰定帝之子阿剌吉八為帝，是為元天順帝。而與此同時(shí),元武宗的舊部重臣燕鐵木兒與河南行省丞相伯顏則分別秘密向漠北和江南遣使，同時(shí)迎接周王和世剌與其弟圖貼睦兒。結(jié)果，圖帖睦爾先至大都，在天歷元年（1328）自立為帝，是為元文宗。而和世剌抵達(dá)和林后，也宣布即位，是為元明宗。札牙篤汗表面上表示愿意退位，奉兄為帝，兩人遂相會(huì)于上都之南，元文宗毒死西拉古圖土后稱帝。
元文宗重祚以后，大興文治。天歷二年（1329）二月，札牙篤汗設(shè)立了奎章閣學(xué)士院，掌進(jìn)講經(jīng)史之書，考察歷代治亂。又令所有勛貴大臣的子孫都要到奎章閣學(xué)習(xí)?？麻w下設(shè)藝文監(jiān)，專門負(fù)責(zé)將儒家典籍譯成蒙古文字，以及?？薄Ｍ晗铝罹幾搿对?jīng)世大典》，兩年后修成，為元代一部重要的記述典章制度的巨著。但元文宗在位期間，丞相燕帖木兒自恃有功，玩弄朝廷，導(dǎo)致大元朝政更加腐敗。
元文宗于至順三年（1332）去世后，為洗刷他毒死哥哥（元和西拉古圖土）的罪行，遺詔立年僅七歲的和西拉古圖土次子懿璘質(zhì)班為帝，是為元寧宗。但元寧宗僅在位不到兩個(gè)月即去世，不久后燕帖木兒也去世。元明宗的長子妥歡貼睦爾被札牙篤汗皇后卜答失里從靜江（廣西桂林）召回并立為帝，是為元惠宗，又稱元宣仁普孝皇帝。
元惠宗在位之初，右丞相伯顏的勢(shì)力很大，把持著朝政，甚至一度不把元惠宗放在眼里。隨著時(shí)間的推移，元惠宗與伯顏的矛盾日益尖銳，后來在伯顏之侄脫脫的幫助下，元惠宗終于成功地廢黜了伯顏，并控制了政局。
至正三年（1343），元惠宗下令修撰《遼史》、《金史》、《宋史》三史，至1345年修成。
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