蒙古人在各等人中名列第一等。
色目人繼蒙古人之后名列第二等，主要指西域人，是最早被蒙古征服的，如欽察、唐兀、畏兀兒、回回等，另外，蒙古高原周邊的一些較早歸附的部族，也屬于色目人，如汪古部等。
漢人為第三等，指淮河以北原金國境內(nèi)的漢、契丹、女真等族以及較晚被蒙古征服的、四川、云南（大理）人，東北的高麗人也是漢人。
南人為第四等，指最后被蒙古征服的原南宋境內(nèi)各族（淮河以南不含四川地區(qū)的人民）。
早在大蒙古國時(shí)期，成吉思汗攻占中原后有位大臣提出將當(dāng)?shù)貪h人驅(qū)趕后把中原變成蒙古人的大牧場。但成吉思汗的謀士契丹人耶律楚材以可以向漢人征收大量稅收為由反對(duì)這個(gè)計(jì)劃，該提案沒有實(shí)施。
元帝國存在等級(jí)歧視制度。一種常見的說法是將臣民分為四等，即蒙古人、色目人、漢人、南人。學(xué)術(shù)界迄今并沒有發(fā)現(xiàn)大元有把國民明確劃分為四等的專門法令，但這種劃分卻反映在一系列不平等的政策和規(guī)定中。比如曾規(guī)定漢人不許結(jié)社、集會(huì)、集體拜神，禁止?jié)h人私藏兵器（例如數(shù)家才可共用一把菜刀），蒙古人被漢人打死需要償命，而蒙古人因爭或乘醉打死漢人只需“斷罰出征，并全征燒埋銀”。漢人如當(dāng)兵則不許充宿衛(wèi)，如當(dāng)官也往往只能做副貳（雖然實(shí)際上存在很多例外情況）。這些法律規(guī)范對(duì)于漢人均不平等。
成吉思汗曾規(guī)定，殺蒙古人的償命，殺色目人的罰黃金四十巴里失（一巴里失大概折合二兩銀幣），而殺死一個(gè)漢人，只要繳一頭毛驢的價(jià)錢就可以了。遇到征伐戰(zhàn)爭，差別待遇較平時(shí)更甚。像1286年，為了進(jìn)攻安南，征用全國馬匹，色目人三匹馬中只征兩匹；而漢人的馬，無論多少，全部征收。以后不斷征馬，每次如此，漢人的馬就成為珍品。蒙古政府有嚴(yán)厲規(guī)定：禁止?jié)h人打獵，禁止?jié)h人學(xué)習(xí)拳擊武術(shù)，禁止?jié)h人持有兵器，禁止?jié)h人集會(huì)拜神，禁止?jié)h人趕集趕場作買賣，禁止?jié)h人夜間走路。“甲主”以上的地方政府首長，全由蒙古人擔(dān)任。當(dāng)蒙古人不夠分配，或中亞人賄賂夠多時(shí)，則由中亞人擔(dān)任。蒙古官員大多數(shù)是世襲的，每一個(gè)蒙古首長，如州長、縣長，他所管轄的一州或一縣，就是他的封建采邑，漢人則是他的農(nóng)奴，他們對(duì)漢人沒有政治責(zé)任，更沒有法律責(zé)任。但實(shí)際上對(duì)于許多豪強(qiáng)是不適用的。雖然法令禁止?jié)h人持有兵器，但大興史氏、易州張氏、真定董氏等待遇和蒙古貴族相差無幾。相反許多蒙古貧民生活卻很困苦，到了元朝中葉，常有大批蒙古貧民在大都、通州等地被販賣，色目人也有不少淪為奴仆的。實(shí)際還是地主階級(jí)政權(quán)。
蒙古大汗可以隨時(shí)把漢人視如生命的農(nóng)田，連同農(nóng)田上的漢人，像奴隸一樣賞賜給皇親國戚——親王公主或功臣之類。南宋滅亡后所舉行的一次賞賜中，少者賞賜數(shù)十戶數(shù)百戶，多者竟賞賜十萬戶。每戶以五口計(jì)，一次就得到五十萬個(gè)農(nóng)奴。漢人忽然間失去他祖宗傳留下來的農(nóng)田，而自己也忽然間從自由農(nóng)民淪為農(nóng)奴，沒有地方可以申訴。蒙古人，都可以隨意侵占農(nóng)田，他們經(jīng)常突然間把漢人從肥沃的農(nóng)田上逐走，任憑農(nóng)田荒蕪，生出野草，以便畜牧。
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