元朝時期，蒙古統(tǒng)治者變本加厲向漢人收取各種名目繁雜的賦稅，民族壓迫十分嚴(yán)重，漢人被掠奪更為常見。將各民族分為不同等級，殘酷剝削漢族群眾，人民揭竿而起，在泰定二年（1325）就發(fā)生了河南趙丑廝、郭菩薩領(lǐng)導(dǎo)的起義。
蒙古統(tǒng)治階級內(nèi)部卻在為爭權(quán)奪利而互相征戰(zhàn)，因此加速了帝國的衰落。至正十年（1350），元政府下令變更鈔法，鑄造“至正通寶”錢，并大量發(fā)行新“中統(tǒng)元寶交鈔”，但導(dǎo)致物價迅速上漲。次年（1351），元惠宗派賈魯治黃河，欲歸故道，動用民夫十五萬，士兵二萬。而官吏乘機(jī)敲詐勒索，造成不滿。白蓮教首領(lǐng)韓山童、劉福通等人決定在5月率教眾發(fā)動起事，但事泄，韓山童被捕殺，于是劉福通帶韓山童之子韓林兒殺出重圍，指韓山童為宋徽宗八世孫，打出“復(fù)宋”旗號，以紅巾為標(biāo)志，其后郭子興等人也紛紛加入。彭和尚亦在湖北扶助徐壽輝起義。至此揭開了大元滅亡的序幕。
蒙古政府則派兵鎮(zhèn)壓各地紅巾軍，由丞相脫脫親自督戰(zhàn)攻徐州起義軍芝麻李部，一度取得了很大的勝利。至正十四年（1354年），脫脫率軍圍攻高郵起義軍張士誠部，被朝中彈劾，功虧一簣。至正十六年（1356）到至正十九年（1359），朱元璋繼承了病逝的郭子興的地位，并不斷擴(kuò)充自己的勢力，攻占了江南的半壁江山。與此同時，在北方察罕帖木兒（李察罕）和李思齊等元軍將領(lǐng)則開始對北方紅巾軍展開反攻。至正二十三年（1363），北方紅巾軍在安豐之役中敗給新興并降蒙的張士誠，劉福通戰(zhàn)死，韓林兒南下投奔朱元璋，隨后被殺。
走向滅亡
朱元璋在擊敗陳友諒、張士誠、方國珍等其它南方起義軍和南方大元勢力后，于至正二十七年（1367）開始北伐，在大將徐達(dá)、常遇春等的協(xié)助下，于至正二十八年（1368）八月攻克通州，元惠宗于七月二十八日，倉惶北逃，徐達(dá)率軍攻陷元朝的首都元大都（今北京），元作為一個全國性質(zhì)的統(tǒng)治結(jié)束。圖干鐵木爾北遁，朱元璋認(rèn)為他順天明命，給他上謚號為“順帝”。
元順帝北逃到至上都，后逃到應(yīng)昌，并多次組織反抗，失敗后在應(yīng)昌去世。在明軍的繼續(xù)追擊下，元廷逃離中原，最終來到漠北，與明軍對峙。
明太祖第六次北征的結(jié)果影響巨大，烏薩哈汗脫古思帖木兒逃走后被其部將也速迭爾（阿里不哥后裔）縊殺。從此以后，自忽必烈傳下來的成吉思汗的嫡系黃金家族對元政權(quán)的控制開始崩潰，大多數(shù)蒙古部落宣布自立。
洪武三十一年（1399），分布在葉尼塞河上游沿岸的吉爾吉斯部首領(lǐng)鬼力赤，否認(rèn)脫古思帖木兒之子額勒伯克的宗主權(quán)，將其打敗并殺死，取得了統(tǒng)治各部的霸權(quán)。額勒伯克之子坤帖木兒繼位后也于建文四年（1402）被鬼力赤殺死，改稱韃靼。去國號，元朝正式滅亡。
只能說，元的確是因元而滅亡。單單憑借著軍事優(yōu)勢而欲支配諸國人民之元，在喪失其優(yōu)越條件之后，立刻就被逐出了占領(lǐng)地。就連在忽必烈汗的領(lǐng)導(dǎo)之下所建造的大都亦無法守住，被逼回原本故鄉(xiāng)所在之北方草原。從此以后，大蒙古帝國再也不曾復(fù)活。諸國之人民亦不愿此事發(fā)生。
北元時期
1368年元廷退回蒙古草原，元惠宗退至上都，隔年又至應(yīng)昌。他繼續(xù)使用“大元”國號，史稱北元。當(dāng)時北方除了元惠宗據(jù)有漠南漠北，關(guān)中還有元將擴(kuò)廓帖木兒(王保保)駐守甘肅定西，此外元廷還領(lǐng)有東北地區(qū)與云南地區(qū)。明太祖為了占領(lǐng)北方，采取兵分二路，各個擊破的方式，此即第一次北伐。元惠宗戰(zhàn)敗后于1370年在應(yīng)昌去世，元昭宗即位后北逃至漠北和林。明將馮勝奪取了甘肅地區(qū)。然而元將擴(kuò)廓帖木兒仍然在漠北多次與明將徐達(dá)等人作戰(zhàn)。明太祖曾多次寫信招降，但擴(kuò)廓帖木兒從不理會，被朱元璋稱為“當(dāng)世奇男子”。1378年四月，元昭宗去世，繼位的元天元帝繼續(xù)和明朝對抗，屢次侵犯 明境。
至于北元領(lǐng)有的東北地區(qū)與云南地區(qū)方面：1371年，元朝遼陽行省平章劉益降明，明朝占領(lǐng)遼寧南部。然而其余東北地區(qū)仍由元朝太尉納哈出控制，納哈出屯兵二十萬于金山（今遼寧省昌圖金山堡以北遼河南岸一帶），與明軍對峙了十幾年，多次拒絕明朝的招撫。1387年馮勝、傅友德、藍(lán)玉等人發(fā)動第五次北伐，目標(biāo)是攻占納哈出的金山。經(jīng)過多次戰(zhàn)爭，1387年10月，納哈出投降藍(lán)玉，明朝占領(lǐng)東北地區(qū)。鎮(zhèn)守云南的元朝梁王把匝剌瓦爾密，在元廷退回草原后仍然繼續(xù)忠效之。1371年明太祖派湯和等人領(lǐng)兵平定據(jù)有四川的明玉珍，并且勸降梁王未果。1381年12月，明軍攻入云南，1382年梁王逃離昆明并自殺，隨后明軍攻克大理，明軍平定云南地區(qū)。
明太祖為了徹底掃除北元勢力，于1388年5月命藍(lán)玉率領(lǐng)明軍十五萬發(fā)動第六次北伐。明軍橫跨戈壁至捕魚兒海（今蒙古國貝爾湖）擊潰元軍，俘虜八萬余人，元天元帝和他的長子天保奴逃走，但是幼子地保奴被明軍擒住，至此北元國勢大衰。1388年元天元帝及長子天保奴被阿里不哥后裔也速迭爾殺害，北元不再使用年號。1402年鬼力赤殺元帝坤帖木兒后后改國號為韃靼，北元亡。
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